GATK4

Development on GATK 4

Лицензия	Лицензия Apache 2.0
Группа	Группа org.broadinstitute
Идентификатор	Идентификатор gatk
Последняя версия	Последняя версия 4.2.6.1
Дата	Дата 13 апр. 2022 г.
Тип	Тип jar
Описание	Описание GATK4 Development on GATK 4
Ссылка на сайт	Ссылка на сайт http://github.com/broadinstitute/gatk

Скачать gatk

Имя Файла	Размер
gatk-4.2.6.1.pom
gatk-4.2.6.1.jar	44 MB
gatk-4.2.6.1-sources.jar	42 MB
gatk-4.2.6.1-javadoc.jar	9 MB
Обзор

Как подключить последнюю версию

Apache Maven

<!-- https://jarcasting.com/artifacts/org.broadinstitute/gatk/ -->
<dependency>
    <groupId>org.broadinstitute</groupId>
    <artifactId>gatk</artifactId>
    <version>4.2.6.1</version>
</dependency>

Gradle Groovy

// https://jarcasting.com/artifacts/org.broadinstitute/gatk/
implementation 'org.broadinstitute:gatk:4.2.6.1'

Gradle Kotlin

// https://jarcasting.com/artifacts/org.broadinstitute/gatk/
implementation ("org.broadinstitute:gatk:4.2.6.1")

Apache Buildr

'org.broadinstitute:gatk:jar:4.2.6.1'

Apache Ivy

<dependency org="org.broadinstitute" name="gatk" rev="4.2.6.1">
  <artifact name="gatk" type="jar" />
</dependency>

Groovy Grape

@Grapes(
@Grab(group='org.broadinstitute', module='gatk', version='4.2.6.1')
)

Scala SBT

libraryDependencies += "org.broadinstitute" % "gatk" % "4.2.6.1"

Leiningen

[org.broadinstitute/gatk "4.2.6.1"]

Зависимости

runtime (53)

Идентификатор библиотеки	Тип	Версия
org.broadinstitute : barclay	jar	4.0.2
org.aeonbits.owner : owner	jar	1.0.9
com.github.broadinstitute : picard	jar	2.27.1
org.genomicsdb : genomicsdb	jar	1.4.3
com.opencsv : opencsv	jar	3.4
com.google.guava : guava	jar	31.0.1-jre
com.github.samtools : htsjdk	jar	2.24.1
com.google.cloud : google-cloud-nio	jar	0.123.25
com.google.cloud : google-cloud-bigquery	jar	2.9.0
com.google.cloud : google-cloud-bigquerystorage	jar	2.9.1
gov.nist.math.jama : gov.nist.math.jama	jar	1.1.1
com.google.cloud.bigdataoss : gcs-connector	jar	1.9.4-hadoop3
org.apache.logging.log4j : log4j-api	jar	2.17.1
org.apache.logging.log4j : log4j-core	jar	2.17.1
org.apache.logging.log4j : log4j-jcl	jar	2.17.1
org.apache.commons : commons-lang3	jar	3.5
org.apache.commons : commons-math3	jar	3.5
org.apache.commons : commons-collections4	jar	4.1
org.apache.commons : commons-vfs2	jar	2.0
org.apache.commons : commons-configuration2	jar	2.4
org.apache.httpcomponents : httpclient	jar	4.5.12
commons-beanutils : commons-beanutils	jar	1.9.3
commons-io : commons-io	jar	2.5
org.reflections : reflections	jar	0.9.10
it.unimi.dsi : fastutil	jar	7.0.6
org.broadinstitute : hdf5-java-bindings	jar	1.1.0-hdf5_2.11.0
org.broadinstitute : gatk-native-bindings	jar	1.0.0
org.ojalgo : ojalgo	jar	44.0.0
org.ojalgo : ojalgo-commons-math3	jar	1.0.0
org.apache.spark : spark-mllib_2.11	jar	2.4.5
com.thoughtworks.paranamer : paranamer	jar	2.8
org.bdgenomics.bdg-formats : bdg-formats	jar	0.5.0
org.bdgenomics.adam : adam-core-spark2_2.11	jar	0.28.0
org.jgrapht : jgrapht-core	jar	0.9.1
org.disq-bio : disq	jar	0.3.6
org.apache.hadoop : hadoop-client	jar	3.2.1
com.github.jsr203hadoop : jsr203hadoop	jar	1.0.3
de.javakaffee : kryo-serializers	jar	0.41
org.objenesis : objenesis	jar	1.2
com.github.fommil.netlib : netlib-native_ref-osx-x86_64	jar	1.1
com.github.fommil.netlib : netlib-native_ref-linux-x86_64	jar	1.1
com.github.fommil.netlib : netlib-native_system-linux-x86_64	jar	1.1
com.github.fommil.netlib : netlib-native_system-osx-x86_64	jar	1.1
com.esotericsoftware : kryo	jar	3.0.3
com.esotericsoftware : reflectasm	jar	1.10.0
com.intel.gkl : gkl	jar	0.8.8
org.broadinstitute : gatk-bwamem-jni	jar	1.0.4
org.broadinstitute : gatk-fermilite-jni	jar	1.2.0
org.broadinstitute : http-nio	jar	0.1.0-rc1
org.xerial : sqlite-jdbc	jar	3.36.0.3
biz.k11i » xgboost-predictor	jar	0.3.0
net.grey-panther : natural-comparator	jar	1.1
com.fasterxml.jackson.module : jackson-module-scala_2.11	jar	2.9.8

Модули Проекта

Данный проект не имеет модулей.

Broad Institute

Broad Institute of MIT and Harvard

Версии библиотеки

Версия
4.2.6.1 13 апр. 2022 г.
4.2.6.0 8 апр. 2022 г.
4.2.5.0 5 февр. 2022 г.
4.2.4.1 5 янв. 2022 г.
4.2.4.0 15 дек. 2021 г.
4.2.3.0 3 нояб. 2021 г.
4.2.2.0 19 авг. 2021 г.
4.2.1.0 31 июл. 2021 г.
4.2.0.0 20 февр. 2021 г.
4.1.9.0 10 окт. 2020 г.
4.1.8.1 21 июл. 2020 г.
4.1.8.0 26 июн. 2020 г.
4.1.7.0 24 апр. 2020 г.
4.1.6.0 25 мар. 2020 г.
4.1.5.0 29 февр. 2020 г.
4.1.4.1 27 нояб. 2019 г.
4.1.4.0 16 окт. 2019 г.
4.1.3.0 9 авг. 2019 г.
4.1.2.0 23 апр. 2019 г.
4.1.1.0 29 мар. 2019 г.
4.1.0.0 30 янв. 2019 г.
4.0.12.0 17 дек. 2018 г.
4.0.11.0 23 окт. 2018 г.
4.0.10.1 9 окт. 2018 г.
4.0.10.0 4 окт. 2018 г.
4.0.9.0 26 сент. 2018 г.
4.0.8.1 16 авг. 2018 г.
4.0.8.0 15 авг. 2018 г.
4.0.7.0 30 июл. 2018 г.
4.0.6.0 7 июл. 2018 г.
4.0.5.2 30 июн. 2018 г.
4.0.5.1 11 июн. 2018 г.
4.0.5.0 8 июн. 2018 г.
4.0.4.0 26 апр. 2018 г.
4.0.3.0 28 мар. 2018 г.
4.0.2.1 2 мар. 2018 г.
4.0.2.0 27 февр. 2018 г.
4.0.1.2 9 февр. 2018 г.
4.0.1.1 2 февр. 2018 г.
4.0.1.0 30 янв. 2018 г.
4.0.0.0 9 янв. 2018 г.
4.beta.2 20 июл. 2017 г.
4.beta.1 29 июн. 2017 г.
4.alpha.2 18 авг. 2016 г.
4.alpha.1 29 апр. 2016 г.
4.alpha 2 мар. 2016 г.

GATK4

Лицензия

Группа

Идентификатор

Последняя версия

Дата

Тип

Описание

Ссылка на сайт

Скачать gatk

Как подключить последнюю версию

Зависимости

runtime (53)

Модули Проекта

Broad Institute

Версии библиотеки