PIA - Protein Inference Algorithms

Protein inference toolbox that contains algorithms to merge results from search engines in mass spectrometry and proteomics. It provides functionalities to compute FDR at different levels including PSM, peptide and Protein levels.

Лицензия

Лицензия

Группа

Группа

io.github.bigbio.external
Идентификатор

Идентификатор

pia
Последняя версия

Последняя версия

1.3.23
Дата

Дата

Тип

Тип

zip
Описание

Описание

PIA - Protein Inference Algorithms
Protein inference toolbox that contains algorithms to merge results from search engines in mass spectrometry and proteomics. It provides functionalities to compute FDR at different levels including PSM, peptide and Protein levels.
Ссылка на сайт

Ссылка на сайт

https://github.com/mpc-bioinformatics/pia
Организация-разработчик

Организация-разработчик

Medizinisches Proteom-Center, Medical Bioinformatics
Система контроля версий

Система контроля версий

https://github.com/bigbio/pia.git

Скачать pia

Зависимости

compile (25)

Идентификатор библиотеки Тип Версия
org.projectlombok : lombok jar 1.18.2
info.picocli : picocli jar 4.6.1
org.apache.commons : commons-lang3 jar 3.2.1
org.apache.commons : commons-collections4 jar 4.1
uk.ac.ebi.jmzidml » jmzidentml jar 1.2.12-SNAPSHOT
javax.xml.bind : jaxb-api jar 2.3.1
com.sun.xml.bind : jaxb-impl jar 2.3.1
com.sun.xml.bind : jaxb-core jar 2.3.0
uk.ac.ebi.pride.utilities » pride-mod jar 2.1.9
io.github.bigbio.external : jmztab jar 3.0.13
uk.ac.ebi.pride » px-submission-core jar 2.0.30
com.google.code.gson : gson jar 2.8.1
uk.ac.ebi.pride.jaxb » pride-jaxb jar 1.0.22
it.unimi.dsi : fastutil jar 6.5.1
psidev.psi.tools » xxindex jar 0.23
com.compomics » mascotdatfile jar 3.6.1
de.proteinms.xtandemparser » xtandem-parser jar 1.13.0
org.biojava : biojava-ontology jar 4.2.8
de.mpc » BaseLib jar 0.0.1-SNAPSHOT
de.mpc » CvtBaseLib jar 0.0.1-SNAPSHOT
de.mpc » PDLibrary jar 0.0.1-SNAPSHOT
com.almworks.sqlite4java : sqlite4java jar 1.0.392
org.xerial : sqlite-jdbc jar 3.20.1
org.ehcache : ehcache jar 3.1.1
com.compomics » utilities jar 5.0.18

test (2)

Идентификатор библиотеки Тип Версия
junit : junit jar 4.13.1
xerces : xercesImpl jar 2.12.1

Модули Проекта

Данный проект не имеет модулей.

Версии библиотеки

Версия
1.3.23
1.3.22
1.3.21
1.3.20
1.3.18